小鼠乳腺发育的转录组学研究—怀孕哺乳周期乳腺的关键调控基因
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文摘
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乳腺是哺乳动物特有的器官, 90%的发育过程集中在出生之后. 此外, 在生殖过程中乳腺发育会经历怀孕、哺乳和退化3个阶段(称为怀孕哺乳周期). 为了在转录组水平上更好地了解乳腺发育的机制, 利用核糖体RNA 去除法构建了小鼠乳腺3个时期(怀孕12天、哺乳14天和退化7天)的总RNA 文库, 每个文库产出的数据量均大于5×10~7条reads. 3个文库分别得到17344, 10160和13739个蛋白编码基因以及1803, 828和1288个ncRNAs. 其中, 从怀孕期到哺乳期有4843个差异表达基因(包括749个上调表达的基因和4094个下调表达的基因); 从哺乳期到退化期共有4926个差异表达基因(包括4706个上调表达和220个下调表达的基因). 此外,还观察到与溶酶体酶相关的基因在哺乳期乳腺中有较高的表达. 通过对转录因子及ncRNAs 的分析, 还得到一些可能在乳腺发育的不同时期有重要调控作用的调控因子基因(如转录因子基因Trps1, Gtf2i, Tcf7l2, Nupr1, Vdr, Rb1和Aebp1; miRNA 基因mir-125b, Let-7, mir-146a 和 mir-15等). |
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来源
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中国科学. 生命科学
,2014,44(3):291-306 【核心库】
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关键词
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小鼠乳腺
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乳腺发育
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转录组
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rmRNA-seq
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miRNAs
;
转录因子
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地址
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中国科学院北京基因组研究所, 中国科学院基因组学与信息重点实验室;;基因组与精准医学检测技术北京市重点实验室, 北京, 100101
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语种
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中文 |
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文献类型
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研究性论文 |
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ISSN
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1674-7232 |
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基金
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国家973计划
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文献收藏号
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CSCD:5097468
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参考文献 共
110
共6页
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|
1.
Capuco A V. The origin and evolution of lactation.
J Biol,2009,8:37
|
被引
1
次
|
|
|
|
|
2.
Oftedal O T. The mammary gland and its origin during synapsid evolution.
J Mammary Gland Biol Neoplasia,2002,7:225-252
|
被引
1
次
|
|
|
|
|
3.
苏志熙. 泌乳前后家猪乳腺基因表达谱的构建以及不同猪种和不同发育时期差异表达基因的确定.
中国科学C辑: 生命科学,2005,35:462-471
|
被引
2
次
|
|
|
|
|
4.
Richert M M. An atlas of mouse mammary gland development.
J Mammary Gland Biol Neoplasia,2000,5:227-241
|
被引
11
次
|
|
|
|
|
5.
Clarkson R W. Gene expression profiling of mammary gland development reveals putative roles for death receptors and immune mediators in post-lactational regression.
Breast Cancer Res,2004,6:R92-R109
|
被引
2
次
|
|
|
|
|
6.
Master S R. Functional microarray analysis of mammary organogenesis reveals a developmental role in adaptive thermogenesis.
Mol Endocrinol,2002,16:1185-1203
|
被引
2
次
|
|
|
|
|
7.
Rudolph M C. Functional development of the mammary gland: use of expression profiling and trajectory clustering to reveal changes in gene expression during pregnancy, lactation, and involution.
J Mammary Gland Biol Neoplasia,2003,8:287-307
|
被引
9
次
|
|
|
|
|
8.
Malewski T. Gene expression profiling of mouse mammary gland: transition from pregnancy to lactation.
Anim Sci Pap Rep,2005,23:159-169
|
被引
1
次
|
|
|
|
|
9.
Bionaz M. Gene networks driving bovine milk fat synthesis during the lactation cycle.
BMC Genomics,2008,9:366
|
被引
90
次
|
|
|
|
|
10.
Lemay D G. Gene regulatory networks in lactation: identification of global principles using bioinformatics.
BMC Syst Biol,2007,1:56
|
被引
5
次
|
|
|
|
|
11.
Rudolph M C. Metabolic regulation in the lactating mammary gland: a lipid synthesizing machine.
Physiol Genomics,2006,28:323-336
|
被引
14
次
|
|
|
|
|
12.
Finucane K A. Onset of lactation in the bovine mammary gland: gene expression profiling indicates a strong inhibition of gene expression in cell proliferation.
Funct Integr Genomics,2008,8:251-264
|
被引
5
次
|
|
|
|
|
13.
Wang Z. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.
Nat Rev Genet,2009,10:57-63
|
被引
489
次
|
|
|
|
|
14.
Marguerat S. RNA-Seq: from technology to biology.
Cell Mol Life Sci,2010,67:569-579
|
被引
18
次
|
|
|
|
|
15.
Zhu J. On the nature of human housekeeping genes.
Trends Genet,2008,24:481-484
|
被引
11
次
|
|
|
|
|
16.
Cui P. A comparison between ribo-minus RNA-sequencing and polyA-selected RNA-sequencing.
Genomics,2010,96:259-265
|
被引
12
次
|
|
|
|
|
17.
Kanamori M. A genome-wide and nonredundant mouse transcription factor database.
Biochem Biophys Res Commun,2004,322:787-793
|
被引
4
次
|
|
|
|
|
18.
Greenbaum A L. Lysosomal enzyme changes in enforced mammary-gland involution.
Biochem J,1965,97:518-522
|
被引
1
次
|
|
|
|
|
19.
Helminen H J. Quantitation of lysosomal enzyme changes during enforced mammary gland involution.
Exp Cell Res,1970,60:419-426
|
被引
1
次
|
|
|
|
|
20.
Kreuzaler P A. Stat3 controls lysosomal-mediated cell death in vivo.
Nat Cell Biol,2011,13:303-309
|
被引
6
次
|
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