不同DGGE谱带信息提取方法对分析结果的影响
EFFECTS GENERATED BY DIFFERENT BAND EXTRACTING METHODS IN THE ANALYSIS OF DGGE PROFILE
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文摘
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自1993年Muyzer,et al.将变性梯度凝胶电泳技术(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)引入到微生物生态学研究以来,DGGE已被广泛应用于各种生态系统(如淡水、海洋、土壤、动物消化道等)的微生物群落结构分析。但对于DGGE凝胶的分析至今仍没有统一的方法,研究者主要采用凝胶条带的0/1矩阵、峰值矩阵或亮度矩阵对凝胶图谱进行分析。为了建立一种可靠的DGGE凝胶分析方法,我们以草鱼消化道细菌群落16S rDNA V3区的DGGE图谱为对象,比较了DGGE凝胶去泳道背景时的条带0/1矩阵、峰值矩阵和亮度矩阵在有效条带阈值分别设定为0、50和100时对分析结果的影响,评估并建立了一种重复性高、样本间相似性最稳定的DGGE凝胶分析方法。 |
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来源
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水生生物学报
,2012,36(5):1009-1011 【核心库】
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关键词
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变性梯度凝胶电泳
;
DNA指纹
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微生物群落结构
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地址
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1.
中国科学院水生生物研究所, 中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室, 武汉, 430072
2.
湖南农业大学动物科学技术学院, 长沙, 410128
3.
湖南省沅江市畜牧水产局, 沅江, 413100
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语种
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中文 |
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ISSN
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1000-3207 |
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基金
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国家973计划
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国家自然科学基金
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文献收藏号
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CSCD:4646039
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参考文献 共
10
共1页
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1.
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