帮助 关于我们

返回检索结果

应用BIGIS-4测序系统完成Glaciecola mesophila sp.nov.的全基因组测序和组装

查看参考文献25篇

袁丽娜 1   任鲁风 1   李运涛 2   韩伟静 2   俞勇 3   楚亚男 1   刘贵明 1   于丹 1   滕明静 1   王亮 1   王绪敏 1   周晓光 2   俞育德 2 *   于军 1 *  
文摘 BIGIS-4是中国新一代基于焦磷酸测序技术的测序仪.本实验利用BIGIS-4完成了对Glacielola mesophila sp.nov.(Gmn)的全基因组测序.Gmn是一株从海洋无脊椎动物体内分离到的革兰氏阴性菌.BIGIS-4测序得到152043个高质量的测序片段,平均读长406bp.测序片段由BIGIS-4系统后处理模块组装.除单核苷酸同聚体引起的测序错误外,测序结果中没有检测到其他低质量错误.Gmn基因组全长5144318bp,共注释得到4303个基因,其中有大量的代谢基因,与菌种在海洋表面非脊椎动物的生长环境相关.Gmn的冷适应和信号转导相关基因为其对海洋低温环境的适应提供了依据.
来源 中国科学. 生命科学 ,2011,41(7):544-549 【核心库】
关键词 Glacielola mesophila sp.nov. ; BIGIS-4测序系统 ; 海洋环境的适应
地址

1. 中国科学院北京基因组研究所, 中国科学院基因组科学及信息重点实验室, 北京, 100029  

2. 中国科学院半导体研究所, 集成光电子学国家重点实验室, 北京, 100083  

3. 中国极地研究中心, 国家海洋局极地科学重点实验室, 上海, 200136

语种 中文
文献类型 研究性论文
ISSN 1674-7232
学科 分子生物学
基金 中国科学院科研装备研制项目 ;  国家自然科学基金 ;  中国科学院北京基因组研究所自主立项经费资助
文献收藏号 CSCD:4268495

参考文献 共 25 共2页

1.  Romanenko L A. Glaciecola mesophila sp.nov,a novel marine agar-digesting bacterium. Int J Syst Evol Microbiol,2003,53:647-651 被引 2    
2.  Zhang D C. Glaciecola psychrophila sp.nov,a novel psychrophilic bacterium isolated from the Arctic. Int J Syst Evol Microbiol,2006,56:2867-2869 被引 1    
3.  Van Trappen S. Glaciecola polaris sp.nov,a novel budding and prosthecate bacterium from the Arctic Ocean,and emended description of the genus Glaciecola. Int J Syst Evol Microbiol,2004,54:1765-1771 被引 1    
4.  Baik K S. Glaciecola nitratireducens sp.nov,isolated from seawater. Int J Syst Evol Microbiol,2006,56:2185-2188 被引 2    
5.  Chen L P. Glaciecola lipolytica sp.nov,isolated from seawater near Tianjin city,China. Int J Syst Evol Microbiol,2009,59:73-76 被引 1    
6.  Matsuyama H. Glaciecola chathamensis sp.nov,a novel marine polysaccharide-producing bacterium. Int J Syst Evol Microbiol,2006,56:2883-2886 被引 1    
7.  Zhang Y J. Glaciecola arctica sp.nov,isolated from Arctic marine sediment. Int J Syst Evol Microbiol,2010 被引 1    
8.  Yong J J. Glaciecola agarilytica sp.nov,an agar-digesting marine bacterium from the East Sea,Korea. Int J Syst Evol Microbiol,2007,57:951-953 被引 2    
9.  Prabagaran S R. Predominance of Roseobacter,Sulfitobacter,Glaciecola and Psychrobacter in seawater collected off Ushuaia,Argentina,Sub-Antarctica. FEMS Microbiol Ecol,2007,59:342-355 被引 9    
10.  Guo B. Gene cloning,expression and characterization of a new cold-active and salt-tolerant endo-beta-1,4-xylanase from marine Glaciecola mesophila KMM 241. Appl Microbiol Biotechnol,2009,84:1107-1115 被引 11    
11.  Ronaghi M. A sequencing method based on real-time pyrophosphate. Science,1998,281:363-365 被引 54    
12.  Gordon D. Viewing and editing assembled sequences using Consed. Curr Protoc Bioinformatics,2003:Unit11.2 被引 1    
13.  Delcher A L. Identifying bacterial genes and endosymbiont DNA with Glimmer. Bioinformatics,2007,23:673-679 被引 75    
14.  Zdobnov E M. InterProScan––an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro. Bioinformatics(Oxford,England),2001,17:847-848 被引 78    
15.  Schattner P. The tRNAscan-SE,snoscan and snoGPS web servers for the detection of tRNAs and snoRNAs. Nucleic Acids Res,2005,33:W686-W689 被引 67    
16.  Siguier P. ISfinder:the reference centre for bacterial insertion sequences. Nucleic Acids Res,2006,34:D32-D36 被引 21    
17.  Kurtz S. Versatile and open software for comparing large genomes. Genome Biol,2004,5:R12 被引 77    
18.  Bott O J. Analysis and specification of telemedical systems using modelling and simulation:the MOSAIK-M approach. Stud Health Technol Inform,2005,116:503-508 被引 1    
19.  Ivars-Martinez E. Comparative genomics of two ecotypes of the marine planktonic copiotroph Alteromonas macleodii suggests alternative lifestyles associated with different kinds of particulate organic matter. ISME J,2008,2:1194-1212 被引 4    
20.  Collins T. Xylanases,xylanase families and extremophilic xylanases. FEMS Microbiol Rev,2005,29:3-23 被引 97    
引证文献 1

1 韩伟静 一种应用于高通量生物检测的皮升级微反应池芯片 中国科学. 生命科学,2013,43(11):953-959,1-3
被引 0 次

显示所有1篇文献

论文科学数据集
PlumX Metrics
相关文献

 作者相关
 关键词相关
 参考文献相关

iAuthor 链接
任鲁风 0000-0001-8280-9310
楚亚男 0000-0002-9349-4307
于军 0000-0001-7599-2700
版权所有 ©2008 中国科学院文献情报中心 制作维护:中国科学院文献情报中心
地址:北京中关村北四环西路33号 邮政编码:100190 联系电话:(010)82627496 E-mail:cscd@mail.las.ac.cn 京ICP备05002861号-4 | 京公网安备11010802043238号