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文摘
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GROMACS是著名分子动力学模拟软件之一,GPGPU技术能够使用图形处理器完成通用计算,是高性能计算的最新发展趋势.本文通过对Nvidia CUDA GPGPU编程模式以及GROMACS代码的研究分析,论证了将GROMACS移植到以GPGPU为计算核心的平台上的可行性,并通过算法和参数数据组织形式的改造实现了GROMACS中非键力计算函数从x86处理器向GPGPU的移植,获得显著的性能提升,计算加速比达到10倍以上,为GROMACS整体移植的实现奠定了基础 |
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其他语种文摘
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GROMACS is a popular MD simulation software.GPGPU technology which uses GPU to perform general-purpose computation is a kind of new development trend in high performance computing.Based on analysis of Nvidia CUDA GPGPU programming mode and code in GROMACS,this paper attempted to create GPGPU version of GROMACS.Using GPGPU as computing core,the non-bonded force computing function in GROMACS has been implemented on GPGPU by transforming arithmetic and data structure.As a result,function performance is enhanced with speed 10 times faster which would support the feasibility for porting the entire GROMACS software on GPGPU |
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来源
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计算机与应用化学
,2010,27(12):1603-1606 【核心库】
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关键词
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分子动力学
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GROMACS
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GPGPU
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CUDA
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地址
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1.
中国科学院过程工程研究所, 多相复杂系统国家重点实验室, 北京, 100190
2.
中国科学院研究生院, 北京, 100049
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语种
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中文 |
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文献类型
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研究性论文 |
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ISSN
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1001-4160 |
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学科
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化学;自动化技术、计算机技术;化学工业 |
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基金
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国家自然科学基金
;
中国科学院创新课题基金
;
多相复杂系统国家重点实验室开放课题资助
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文献收藏号
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CSCD:4082604
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Nvidia Tesla Computing Solutions
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CUDA Zone
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AMD FireStream?9170:Industry's First GPU with Double-Precision Floating Point
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ATI Stream Software Development Kit
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IBM Cell Broadband Engine technology
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Cell Programming
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7.
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Larrabee:Next-Generation Visual Computing Microarchitecture
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Larrabee(GPU)-Wikipedia,the free encyclopedia
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9.
江鹰.
粒子模拟数据前处理系统设计与粒子模拟专用集群方案可行性研究.硕士学位论文,2007
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严历.
大规模粒子模拟并行计算平台搭建流程总结,2008
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陈飞国. 复杂多相流动分子动力学模拟在GPU上的实现.
中国科学B辑:化学,2008,38(12):1120-1128
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12.
多项复杂系统国家重点实验室多尺度离散模拟项目组.
基于 GPU的多尺度离散模拟并行计算,2009
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Nvidia CUDA Programming Guide 1.1,2007
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GROMACS:Fast,Free and Flexible MD
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Lindahl E. GROMACS 3.0:A package for molecular simulation and trajectory analysis.
Journal of Molecular Modeling,2001,7:306-317
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Folding@home-Main
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Folding@home-FAQ-NVIDIA
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OpenMM Project Overview
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SimTK-the Simulation Toolkit,part of the Simbios project
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Eastman P.
OpenMM Preview Release 2,2009
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