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盐芥ICE1转录因子的克隆及生物信息学分析
Cloning and Bioinformatics Analysis of a Transcription Factor ICE1 from Thellungiella halophila

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轩春雷 1   肖向文 2   李晓波 2   祝建波 1 *  
文摘 ICE1基因编码一个MYB类型的碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子,在冷胁迫条件下调节CBF基因的表达,能够提高植物抗寒性.利用盐芥5′EST序列和拟南芥ICE13′UTR保守序列设计引物,从盐芥基因组中克隆得到了1个2525bp的基因xhICE.生物信息学分析,表明该基因具有4个外显子,4个内含子,外显子/内含子边界符合经典的GT-AG规则.由此推导的cDNA包含一个1500bp的开放阅读框,编码500个氨基酸.与拟南芥ICE1相比,二者的内含子具有相同的类型和相对保守的位置,在核酸水平与氨基酸水平高度同源,并且具有相同的bHLH结构域.以上分析都表明,xhICE基因可能是盐芥ICE1基因,涉及抗寒相关的CBF转录调控途径
其他语种文摘 ICE1 encodes a MYC-type basic helix-loop-helix transcription factor that regulates the transcription of CBF genes under cold stress, which can improve the chilling tolerance of plants. In this study,we make use of the 5'EST sequence of Thellungiella halophila and the 3' UTR sequence of Arabidopsis thaliana ICE1 to design primer and clone the ICE1 gene from Thellungiella halophila. The bioinformatics analysis showed that this gene consists of four exons and four introns, and the intron-exon boundaries conform to the"GT-AG"rule. It follows that this predicted cDNA has an open reading frame(ORF)of 1 500 bp in length, encoding a protein of 500 amino acids. In comparison to the genome sequence of Arabidopsis thaliana ICE1, both introns have the same type and relatively conservative position, highly homogeneity at amino acid and nucleic acid level and have a potential basic helix-loop-helix. All results indicate that xhICE gene might be Thellungiella halophila ICE1 gene, that can be involved in the CBF transcriptional regulatory paths
来源 生物技术通报 ,2010(11):108-114 【扩展库】
关键词 转录因子 ; 表达序列标签 ; 生物信息学 ; ICE1
地址

1. 石河子大学生命科学学院, 石河子, 832003  

2. 中国科学院新疆理化技术研究所, 乌鲁木齐, 830023

语种 中文
文献类型 研究性论文
ISSN 1002-5464
学科 生物工程学(生物技术)
基金 国家转基因生物新品种培育重大专项 ;  国家863计划
文献收藏号 CSCD:4069150

参考文献 共 12 共1页

1.  陈儒钢. 植物抗寒基因工程研究进展. 西北植物学报,2008,28(6):1274-1280 被引 13    
2.  夏金婵. 植物冷驯化相关信号机制. 中国生物化学与分子生物学报,2008,24(4):295-301 被引 7    
3.  林元震. 甜杨抗冻转录因子ICE1基因的insilico克隆及其分析. 分子植物育种,2007,5(3):424-430 被引 29    
4.  任艳利. 转录激活因子CBF在植物调节冷驯化中的作用. 植物生理学通讯,2006,42(3):589-593 被引 5    
5.  王勇. bHLH转录因子家族研究进展. 遗传,2008,30(7):821-830 被引 20    
6.  王洋. 拟南芥CBF/DREB途径的研究进展及其在植物基因工程中的应用. 生物物理学报,2007,23(2):101-107 被引 9    
7.  Lee BH. The. Arabidopsis cold-responsive transcriptome and its regulation by ICE1. Plant Cell,2005,17:3155-3175 被引 67    
8.  Fowler S. Arabidopsis transcriptome profiling indicates that multiple regulatory pathways are activated during cold acclimation in addition to the CBF cold response pathway. Plant Cell,2002,14:1675-1690 被引 131    
9.  Artus NN. Constutitive expression of the cold-regulated Arabidopsis COR15a gene affects both chloroplast and protoplast freezing tolerance. Proc Natl Acad Sci USA,1996,93:13404-13409 被引 65    
10.  Thomashow MF. Role of the Arabidopsis CBF transcriptional activators in cold acclimation. Physiol Plant,2001,112:171-175 被引 25    
11.  Novillo F. CBF2/DREB1C is a negative regulator of CBF1/DREB1B and CBF3/DREB1A expression and plays a central role in stress tolerance in Arabidopsis. Plant Biology,2004,11:3985-3990 被引 1    
12.  Chinnusamy V. ICE1: A regulator of coldinduced transcriptome and freezing tolerance in Arabidopsis. Genes Dev,2003,17:1043-1054 被引 255    
引证文献 4

1 熊伟 人 MTERF4基因cDNA的克隆及编码蛋白质的生物信息学分析 生物技术,2015,25(1):28-35
被引 2

2 向殿军 BcICE1基因表达模式及调控转基因水稻抗冷通路研究 分子植物育种,2013,11(6):694-700
被引 0 次

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