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高维空间点覆盖方法在物种计算机自动分类中的应用
A Alignment-Free Sequence Comparison Method Based on Whole Genomes and Its Application to Virus Phylogeny
查看参考文献10篇
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文摘
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长期以来物种的分类主要依靠形态学方法，难以形成计算机自动分类，本文提出了一种基于高维空间几何分析的序列对比方法，并应用该方法对9个嗜肝病毒科病毒和14个花椰菜花叶病毒科病毒做出了进化树，结果完全符合国际病毒学命名委员会公布的病毒分类标准，在此基础上，本文探索性的提出了一种基于仿生模式识别的物种自动分类方法，并应用该方法对嗜肝病毒科病毒和花椰菜花叶病毒科病毒做了自动分类，正确分类率分别达到100％和94％。 |
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其他语种文摘
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For a long time, the classification of species depends mainly on morphologic methods. And it is difficult to realize automatic species classification by using computer. This article puts forward a alignment-free sequence comparison method based on whole genomes and draws phylogeny trees for 9 Hepadnaviridae viruses and 14 Caulimoviridae viruses with this method. The results match the standard of virus classification published by ICNV. On this foundation, the article exploringly puts forward an automatic classification method of species based on pattern recognition and uses this method to do the automatic classification for Hepadnavifidae viruses and Caulimoviridae viruses. The correct classification rate reaches 100% and 94% respectively. |
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来源
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电子学报
,2006,34(2):277-281 【核心库】
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关键词
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高维空间几何分析
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序列对比
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仿生模式识别
;
物种自动分类
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地址
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1.
中国农业大学, 北京, 100083
2.
中国科学院半导体研究所, 北京, 100083
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语种
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中文 |
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文献类型
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研究性论文 |
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ISSN
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0372-2112 |
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学科
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自动化技术、计算机技术 |
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文献收藏号
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CSCD:2324401
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参考文献 共
10
共1页
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