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分子动力学模拟与分子生物力学
Molecular Dynamics Simulation and Molecular Biomechanics

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吕守芹   龙勉 *  
文摘 生物大分子的微观结构动力学决定其生物学功能,其力学-化学耦合规律是分子生物力学的重点关注方向。分子动力学模拟是耦合生物大分子力学-化学性质微观结构动力学基础的有效手段,其结果可用于预测结构-功能关系、指导实验设计和诠释实验结果。本文简要介绍了分子动力学模拟的方法学特点、基本工作原理及其在分子生物力学中的应用,并展望了未来可能的发展方向和应用前景。
其他语种文摘 Micro-structural dynamics of biomolecules governs their biological functions.Mechano-chemical coupling is a key issue in molecular biomechanics.Molecular dynamics simulation(MDS) is an effective approach to coordinate the biomolecular micro-structural dynamics with their mechanical and chemical features.The outcomes provide the bases in predicting the structure-function relationship,optimizing the experimental design,and interpreting the measured data.This mini-review briefly introduces the MDS approach,the working principle,and the biological significance in molecular biomechanics,and proposes the prospects of future development and potential applications.
来源 生物物理学报 ,2012,28(1):6-14 【核心库】
关键词 分子动力学模拟 ; 分子生物力学 ; 微观结构动力学 ; 结构-功能关系
地址

中国科学院力学研究所生物力学与生物工程中心, 中国科学院微重力重点实验室, 北京, 100190

语种 中文
文献类型 综述型
ISSN 1000-6737
学科 生物物理学
基金 国家自然科学基金项目
文献收藏号 CSCD:4435792

参考文献 共 66 共4页

1.  Smock R G. Sending signals dynamically. Science,2009,324:198-203 CSCD被引 5    
2.  Tokuriki N. Protein dynamism and evolvability. Science,2009,324:203-207 CSCD被引 9    
3.  邓乾春. 蛋白质溶液构象的研究方法. 生物物理学报,2009,25(4):237-246 CSCD被引 4    
4.  蔡刚. 单颗粒电子显微学的研究进展. 生物物理学报,2010,26(7):560-569 CSCD被引 1    
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13.  Lu S Q. Quantifying the effects of contact duration, loading rate, and approach velocity on P-selectin-PSGL-1 interactions using AFM. Polymer,2006,47:2539-2547 CSCD被引 3    
14.  Zhang Y. Low spring constant regulates P-selectin-PSGL-1 bond rupture. Biophys J,2008,95:5439-5448 CSCD被引 7    
15.  Sun G Y. Surface-bound selectin-ligand binding is regulated by carrier diffusion. Eur Biophys J,2009,38:701-711 CSCD被引 2    
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17.  Marshall B T. Direct observation of catch bonds involving cell-adhesion molecules. Nature,2003,423:190-193 CSCD被引 34    
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19.  Kong F. Demonstration of catch bonds between an integrin and its ligand. J Cell Biol,2009,185:1275-1284 CSCD被引 14    
20.  Brooks B R. CHARMM: The biomolecular simulation program. J Comput Chem,2009,30:1545-1614 CSCD被引 52    
引证文献 4

1 葛振朋 管径和氮掺杂对纳米管中氧气分子传输的影响 中国科学院大学学报,2014,31(1):135-138
CSCD被引 0 次

2 林水森 壳聚糖及其衍生物抗菌机理研究进展 化学通报,2014,77(3):220-226
CSCD被引 7

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